Колекцията от християнско изкуство по българските земи (ІV – ХІХ в.) наброява около 2000 произведения – икони, стенописни фрагменти и църковна утвар. В постоянната експозиция на Музея за християнско изкуство, разположен в криптата на храм-паметника „Св. Александър Невски“, са представени тематично компактни групи произведения от различни столични, митрополитски и манастирски центрове: Преслав, Несебър, Созопол, Велико Търново, Софийско, Пловдивско, Врачанско, Самоков, Трявна, Дебър, Странджа, Бачковския манастир, Рилския манастир, Драгалевския манастир, Кремиковския манастир „Св. Георги“, Етрополския манастир, Погановския манастир „Св. Йоан Богослов“, Бобошевския манастир „Св. Димитър“ и др.

Хронологически най-ранният експонат е стенописен фрагмент с лика на светец от раннохристиянска базилика в с. Хан Крум, Шуменско (ІV-V в.), един от малкото запазени въобще примери за фигурална живопис от този период. От периода на Първото българско царство са група енколпиони (ІХ-Х в.) от столицата Преслав. Уникално художествено явление е преславската рисувана керамика, в експозицията е представена керамична икона с образа на св. апостол Павел. Най-ранната икона върху дърво в колекцията, която е и най-ранната въобще в България, е от края на ХІ в. Тя е двустранна, от едната страна е представено внушително изображение на Христос Пантократор, а от другата – Разпятие Христово.

През Второто Българско царство (1185-1396) основен културен и художествен център става новата столица Търново. Важна роля играят също така градовете Мелник, Несебър, Созопол, Червен и големите манастири като Рилският и Бачковският. Изкуството от този период е известно с името Палеологов ренесанс. За разлика от предходните векове, от ХІІІ и особено от ХІV в. са запазени по-голям брой икони. Техните характеристики очертават разнообразна картина както на местните ателиета, така и на връзките с различни балкански центрове, на първо място с Константинопол и Солун. В експозицията са представени произведения на църковното изкуство с изключителни естетически качества, които произхождат от различни балкански центрове, например: “Св. Николай с житийни сцени” от Несебър (края на ХІІ – началото на ХІІІ в.), “Христос Пантократор” от Несебър (ХІІІ в.), “Богородица Господарка на живота” от Несебър (1270-1280-те), двустранната икона „Св. Георги и неговите родители св. Геронтий и св. Полихрония“ (края на ХІІІ в.), както и няколко други двустранни икони от Созопол и Несебър (ХІІІ-ХІV в.), “Архангелски събор” от Бачковския манастир (1340-те), “Разпятие” (1370-1380-те); стенописни фрагменти от църквата “Св. Николай” (1208) в Мелник, от скалната църква „Св. Архангели“ (ХІІІ в.) край Иваново и от археологическите разкопки в Червен (ХІV в.).

Периодът ХVІ-ХVІІІ в. бележи нов разцвет на православното изкуство на Балканите. Започва обновяването и въздигането на множество манастири и църкви, за които масово се изписват икони и стенописи. В иконописта се очертават две тенденции. Първата е наложена от Критската живописна школа, която въвежда в православната иконография елементи от италианското изкуство. Зографите от това направление са високо школувани и ерудирани, иконите им се отличават с изключително високи естетически качества, усложнена тематика и символика. Втората тенденция се реализира преди всичко в по-малки селища и манастири. Произведенията са изпълнени в по-примитивен и наивистичен стил, но изненадват с неочаквана експресия и оригиналност по отношение на стила и тематиката. Разнообразните художествени тенденции в църковното изкуство на Балканите от ХVІ-ХVІІІ век са в пълнота представени в експозицията с произведения на иконописта и църковното приложно изкуство. Някои от експонатите имат не само естетическа, но и историческа стойност, какъвто пример е Поменникът на българските царе от Погановския манастир (в днешна Сърбия).

Експозицията завършва хронологически с изкуството на Българското възраждане. През втората половина на ХVІІІ в. започват да се оформят основните художествени школи – Тревненска, Самоковска, Банска, Дебърска. От Тревненската школа са произведенията на Симеон Цонюв, Димитър Кънчов, Кръстю Захариев; от Самоковската школа – иконите на Димитър Зограф, Захари Зограф, Никола Образописов и др. Специална част от експозицията е посветена на образите на българските светци: св. св. Кирил и Методий, св. Наум Охридски, св. Иван Рилски, св. Георги Янински, св. Николай Нови Софийски и св. Георги Нови Софийски. и др. Представени са и икони от ХІХ в., дело на майстори от различни краища на Балканите (Света гора, Одрин, Корфу), както и произведения, свързани с поклонничеството на Божи гроб.

В колекцията се съхраняват също руски икони (ХVІІ-ХІХ в.) и произведения на етиопското църковно изкуство.